將複雜蛋白質樣品依序進行等電聚焦分離，與十二烷基硫酸鈉-聚丙烯醯胺凝膠電泳去分離不同分子量的蛋白質。最後可在一個二維膠片平面上得到數百個蛋白質點，接著根據研究目的的不同，使用者選擇所欲比對的樣品進行影像分析，透過反覆的匹配與比對，可以篩選出在不同膠片之間有顯著變化的點，或是研究者感興趣的點，再進行後續之蛋白質鑑定實驗。